Antakyanın Hristiyan dini yönünden önemli olması bu bölgede kiliselerin yoğunlaşmasına neden olmuştur. Bunun sonucu olarak da Antakya Ortodoks Kilisesi 1833 yılında Mısır Bilad Al Şam hükümdarlığı zamanında Mohammed Ali oğlu İbrahim Paşanın izni ile ahşap ve basit bir kilise olarak yapılmıştır. Doğu Ortodoks Kiliselerinin en güzel örneklerinden biri olan bu kilise deprem sonrası Rus mühendislerinin yardımları ile yeniden yapılmış ve Rus kiliselerinin üslubu burada da karşımıza çıkmıştır. Kilisenin içerisinde liturjik kilise eşyaları bulunmakta olup, bunların yanı sıra Bizans, Rus ve Suriye kökenli ikonalar da vardır. Ayrıca antik bir taştan yapılmış Taufe Curunu (Vaftiz Kuyusu)dan akan sular kilise altındaki mezarlığa dökülmektedir. Kilisenin kuzeyinde 1911 yılında Patrik IV. Gregorios zamanında yapılmış olan Ruhban okulu günümüzde kilisenin protokol salonu olarak kullanılmaktadır.