Anadoluda inşa edilen ilk cami olarak bilinir. Cami Roma dönemine ait bir pagan tapınağının üzerine inşa edilmiştir. Ebu Ubeyde Bin Cerrahın 636 yılında Antakyayı fethettiği dönemin simgesi olarak, Habib-i Neccarın mezarının bulunduğu yerde, bir cami inşa edilmiştir. 1098 yılında Haçlıların eline geçen ve 1099da Antakya Prensliği olarak değişen şehir, Memluk Sultanı Melik Zahir Baybars tarafından ele geçirilince cami tekrar yapılmıştır. Caminin medrese duvarlarında üzerinde Baybarsın adı olan bir kitabe bulunur. Depremlerden zarar gören cami ve minaresi birçok kez yenilenmiştir. Günümüzde görülen cami bir Osmanlı Dönemi eseridir ve etrafı medrese odaları ile çevrilidir. Avlusunda 19. yüzyıla ait bir şadırvan bulunur. Caminin kuzeydoğu köşesinde İsanın havarilerinden Yunus (Yuhanna) ve Yahya (Pavlos) ile onlara ilk inanan Antakyalı Habib-i Neccarın türbesi bulunur.